予想。

Dive1で描かれたバルドスカイ世界というのは、AIが管理する量子サーバー内に保存された仮想空間であり、主人公たち全ての人間は機械の中の幻の世界で暮らす幻体、データ人格記憶体(ゼーガ6話参照)。量子サーバーの中でシミュレートされた人間がシミュレートされたCPUやAIを用いてさらにヴァーチャル世界にDiveしている形。幻体たちはナノマシンによる滅びを回避する方法を模索するため、外の人間に何度も同じ時間を繰り返させられている。
本当の空は量子サーバーの外の世界にいる。エージェントは外の世界の人間とAIたちがサーバー内部の観察・干渉をするためのデバイス。巫女やドミニオンは自身が幻体だと知り、外の本当の世界にアクセスしようとしている。アークは外の世界で箱舟計画として幻体化を推し進めた存在。
世界の解法を見つけたとき、主人公はひとり外の世界に復活し(ここら辺もゼーガ)、待っていた空と共に世界を救う、みたいな? 外の世界は空が溶けたあの瞬間。Dive1からの全てのシナリオはナノマシンを介したことでAIと一体化した空が見せ、シミュレートしていた永劫の夢。ラストシナリオは夢が醒めた瞬間。人ではなくなった空と再会し、その助けで現実世界で電脳戦を行いナノマシングングニルを止め、空以外の全ての悪夢を起こさぬことに成功する。
…うん、見事なゼーガ脳による妄想だ。いや、どういう話になるんですかね実際。考えるだけで楽しみすぐる。wktk